Кафедра факультетской терапии Омского медицинского института была организована в 1922 году и располагалась на базе городской больницы. Первым заведующим кафедрой стал профессор П.И. Зарницын, а первыми сотрудниками – ассистенты И.Н. Вульпе и В.П. Григорьева и ординаторы М.А. Плисецкий и А.М. Билль. В 1931 году, в связи с переходом института на четырехгодичное обучение, кафедра была закрыта.
Вновь открылась кафедра в 1934 году. Её руководителем стал выпускник Омского медицинского института, доцент а впоследствии – доктор медицинских наук, профессор Геннадий Александрович Пандиков. Основной темой научной работы кафедры в этот период стала разработка проблем бруцеллеза, послужившая материалом для коллективной монографии.
С 1940 по 1960 годы кафедру возглавлял заслуженный деятель науки РСФСР, доктор медицинских наук, профессор Раймонд Михайлович Ахрем-Ахремович. С 1940 года кафедра располагалась на базе Омской областной клинической больницы, и с своём составе имела стационарную клинику на 90 терапевтических коек. Основным направлением научных исследований сотрудников кафедры в этот период были вопросы краевой патологии, бруцеллеза, описторхоза, Омской геморрагической лихорадки. Первая крупная научная работа Р.М. Ахрем-Ахремовича, посвященная изучению эндемического зоба, была представлена в качестве кандидатской диссертации, но при защите диссертационный совет, оценив исследование, принял решение присудить ученую степень доктора медицинских наук. Впоследствии под руководством Р.М. Ахрем-Ахремовича было опубликовано 3 монографии, выполнено и защищено свыше 20 докторских и кандидатских диссертаций. В 1960 году ему было поручено руководство клиникой Института кардиологии им. А.В. Мясникова ВКЦ АМН СССР, в связи с чем с 1960 по 1961 год кафедрой вновь заведовал профессор Г.А. Пандиков.
С 1961 по 1982 год кафедрой руководил доктор медицинских наук, профессор Николай Михайлович Татаринцев. Научно-исследовательская деятельность кафедры в этот период времени концентрировалась на изучении краевой патологии – Омской геморрагической лихорадки и хронических эндокринологических заболеваний. В 1966 году кафедра была переведена на новую базу в МСЧ №1, где в 1970 году было открыто первое в Омске эндокринологическое отделение, и кафедра стала центром эндокринологической помощи города. За этот период были защищены 2 докторские и 10 кандидатских диссертаций.
С 1983 по 2001 год кафедру возглавлял доктор медицинских наук, профессор Дмитрий Андреевич Поташов. Приоритетными темами исследований на кафедре в это время стали: научное обоснование системы этапно-восстановительного лечения, диспансеризация угрожаемых, реконвалесцентов и больных неспецифическими заболеваниями легких, а также разработка и внедрение в практику здравоохранения дифференцированных методов профилактики и медицинской реабилитации с учетом климата Западной Сибири и использованием местных санаториев и курортов. За этот период на кафедре были защищены 1 докторская и 7 кандидатских диссертаций.
В 2001 году произошла интеграция кафедры с кафедрой поликлинической терапии, после чего её возглавил доктор медицинских наук, профессор Владимир Артемьевич Остапенко. С этого времени кафедра располагалась на 5 клинических базах: Городская клиническая больница № 4, БСМП №2, ГКБ №1, поликлиника Областной клинической больницы и МСЧ № 9. В 2005 году в связи с созданием новой кафедры внутренних болезней и поликлинической терапии после отделения курса поликлинической терапии, кафедра вновь обрела своё историческое название – факультетской терапии. В этот период времени на кафедре были защищены 2 докторские и 5 кандидатских диссертаций.
С 2012 года кафедру возглавляет доктор медицинских наук, профессор Мария Анатольевна Ливзан, до 01 февраля 2019 г совмещающала эту деятельность с должностью проректора по научно-исследовательской работе и являлась руководителем группы «Наука» научно-образовательного медицинского кластера «Сибирский» Сибирского федерального округа. В настоящее время кафедра носит наименование «факультетской терапии, профессиональных болезней» и располагается на базах БУЗОО ККД, БУЗОО ГКБСМП №2, БУЗОО КМСЧ №9, БУЗОО КМХЦ МЗОО и БУЗОО ГКБ №1. Приоритетными научными направлениями кафедры в настоящее время являются оптимизация диагностики, лечения и профилактики больных гастроэнтерологическими и кардиологическими заболеваниями, а также изучение и разработка принципов контролируемого управления лечением.
С 01 февраля 2019 г. Мария Анатольевна приказом Министра здравоохранения РФ утверждена в должности ректора университета, с сохранением должности заведующего кафедрой факультетской терапии, профессиональных болезней.
