Научно-исследовательская и научно-инновационная деятельность университета осуществляется в рамках приоритетного направления Стратегии научно-технологического развития РФ «Переход к персонализированной медицине, высокотехнологичному здравоохранению и технологиям здоровьесбережения». Научные исследования ФГБОУ ВО ОмГМУ Минздрава России Минздрава России направлены на решение задач, соответствующих перечню критических технологий РФ («Биомедицинские и когнитивные технологии здорового и активного долголетия», «Технологии разработки медицинских изделий нового поколения, включая биогибридные, бионические технологии и нейротехнологии»), и перечню сквозных технологий РФ («Технологии создания новых материалов с заданными свойствами и эксплуатационными характеристиками»).
Сформированная научная инфраструктура позволяет университету выполнять исследовательские и технологических проекты по Государственной программе № 47 «Научно-технологическое развитие Российской Федерации»; Государственной программе Омской области «Развитие промышленности и научно-технической деятельности в Омской области»; в рамках НОЦ Омской области по направлению «Передовые медицинские технологии", поддержанные государственным заданием, грантами фондов поддержки научной деятельности, а также выполнять работы по заказу коммерческих организаций.
Финансирование научных исследований университета является многоканальным: средства федерального бюджета (государственное задание Минздрава России), средства регионального бюджета (гранты РНФ (региональный конкурс) по Государственной программе Омской области «Развитие промышленности и научно-технической деятельности в Омской области» (утв. постановлением Правительства Омской области от 28.10.2023 года N 580-п), средства фондов поддержки научных исследований, средства организаций предпринимательского сектора зарубежных стран и РФ, внебюджетные средства университета. Научно-инновационные разработки университета реализуются в рамках НОЦ Омской области по направлению «Передовые медицинские технологии».
