Организация факультетской хирургической клиники Омского медицинского института связана с именем профессора Алексея Фёдоровича Пономарёва. Окончил медицинский факультет Томского университета в 1912 году. В связи с созданием нового медицинского института он был направлен в город Омск и в январе 1922 года утверждён преподавателем общей хирургии и хирургической патологии. С 1923 года А.Ф. Пономарёву поручается заведование двумя клиниками − пропедевтической (общей хирургии) и вновь организуемой институтской (факультетской). В июле 1927 года он был утверждён в звании профессора. Клиника имела в своём распоряжении всего 25 коек. В 1925 году при кафедре был организован студенческий научный кружок. 
В 1933 году клиника временно была переведена на базу Омской железнодорожной больницы. Профессор А.Ф. Пономарёв после тяжелой болезни в декабре 1933 года скончался. Заведование клиникой временно было поручено доценту А.П. Попову.
В это время были выделены помещения для аудитории, служебных и учебных кабинетов. Клиника получила в своё распоряжение 90 коек. Особое внимание было уделено организации экстренной и неотложной хирургической помощи населению города Омска и Омской области.
В 1940 году кафедра была переведена в городскую клиническую больницу № 1. В своё распоряжение клиника получила 190 коек, большую аудиторию и вспомогательные кабинеты. Были созданы отделения: урологическое, неотложной хирургии, плановой хирургии.
На прежней базе с 1 сентября 1940 года была организована новая параллельная кафедра факультетской хирургии педиатрического факультета. Эту кафедру возглавлял профессор Александр Иванович Мануйлов. 
Таким образом, в период с 1946 по 1952 год было две кафедры факультетской хирургии. Затем осталась одна: на базу городской больницы имени Косарева была переведена кафедра общей хирургии.
Таким образом, в период с 1946 по 1952 год было две кафедры факультетской хирургии. Затем осталась одна: на базу городской больницы имени Косарева была переведена кафедра общей хирургии.В 1958 году А.И. Мануйлов был назначен на заведование кафедрой оперативной хирургии с топографической анатомией, а руководство кафедрой факультетской хирургии было поручено доценту Алексею Сергеевичу Пантусову (1899-1958). С 1946 года кандидат медицинских наук А.С. Пантусов − ассистент, а затем доцент кафедры факультетской хирургии. Кроме преподавательской работы длительное время являлся заведующим хирургическим отделением Областной клинической больницы. Много внимания уделял подготовке сельских хирургов. Участник Великой Отечественной войны. В это время первые в условиях Областной клинической больницы начали проводиться операции на пищеводе, лёгких, средостении. Здесь же впервые в Омске применён эндотрахеальный наркоз.
В 1958 году после скоропостижной смерти А.С. Пантусова на заведование кафедрой был избран профессор Н.А. Телков, проработавший в этой должности до 1960 года.
С июля 1961 по 1965 год кафедру возглавлял доктор медицинских наук, профессор Марк Петрович Вилянский. Обладая незаурядными организаторскими способностями, большой энергией и инициативой, М.П. Вилянский в короткий срок добился усиления научно-исследовательской работы клиники. Были внедрены в клинику абдоминальной хирургии сшивающие аппараты, широкое развитие получили операции на сосудах при облитерирующем эндартериите и острой артериальной непроходимости. В эти годы впервые в нашей стране в условиях клиники используется однорядный шов на пищеводе с хорошими непосредственными результатами (доцент А.Г. Барбанчик). Изучаются вопросы диагностики и лечения очаговых заболеваний печени и селезёнки (Н.В. Кайгородова, Л.Я. Шнайдер). Продолжается изучение вопросов травматического повреждения периферических сосудов (В.Н. Даниленко).
В 1968 году заведующим кафедрой факультетской хирургии Омского медицинского института избран Леонид Васильевич Полуэктов (1927-2004). Будучи практическим врачом, в 1960 году Леонид Васильевич защитил кандидатскую диссертацию на тему «Сравнительная оценка хирургических методов лечения прободных язв желудка», а через 7 лет − докторскую диссертацию на тему «Повторные операции на желудке». В 1961 году Л.В. Полуэктов избран ассистентом кафедры факультетской хирургии, в 1962 году − доцентом. С 1968 года он становится деканом лечебного факультета, с 1972 года − проректор по учебной работе, с 1973 года назначается ректором Омского медицинского института.
В 1980 году профессор Л.В. Полуэктов избирается членом-корреспондентом АМН СССР, в 1986 году - действительным членом (академиком) РАМН, в 1995 году - действительным иностранным членом АМН Казахстана.
В этот период сделан крупный вклад в разрешения проблем по совершенствованию сложных повторных реконструктивных операций на желудке и пищеводе с применением сшивающих аппаратов и эндоскопической техники. Проведены фундаментальные исследования по использованию гемосорбентов с целью детоксикации организма при септическом шоке и перитоните. Внедрен в практику обширный спектр лапароскопических операций в торакальной и абдоминальной хирургии. В работах Л.В. Полуэктова и его учеников глубоко освещены вопросы современной диагностики и радикальных хирургических вмешательств при опухолях и паразитарных заболеваниях печени. Был разработан и внедрен в практику метод криогенного воздействия на структуры злокачественных и доброкачественных опухолей и паразитов. Значителен научный вклад профессора Л.В. Полуэктова и его учеников в разработку проблем хирургического лечения врожденных, приобретенных пороков сердца, ишемической болезни сердца и сложных нарушений ритма сердца. Л.В. Полуэктов явился создателем в Омске хирургической школы, он на протяжении 35 лет заведовал хирургической клиникой, расположенной на базе Областной клинической больницы и МСЧ-10. С его непосредственным участием созданы отделения: гастрохирургии, кардиохирургии, сосудистой хирургии, гепатологии, торакальной хирургии, эндоскопической хирургии, колопроктологии.В этот период времени кафедра факультетской хирургии оформилась в следующем составе: доктор медицинских наук, профессор Л.В. Полуэктов, доценты, кандидаты медицинских наук А.Г. Барбанчик, А.И. Коцеров, Н.Н. Цыганов. Ассистенты, кандидаты медицинских наук Н.В. Кайгородова, А.А. Чудинов, А.В. Коршунов, ассистент В.Н. Русаков, старший лаборант, врач Л.И. Волкова, лаборант Н.В. Храпова.
С 1998 года и по настоящее время кафедру факультетской хирургии с курсом урологии возглавляет профессор Владимир Леонидович Полуэктов.За этот период времени следует отметить солидные научные изыскания по применению эндоскопических методов диагностики и лечения осложнений после операций на желудке в раннем послеоперационном периоде. К разряду открытий можно отнести выявление на слизистой оболочке желудка и толстой кишки биологически активных точек, действие на которые вызывает активацию моторной функции желудочно-кишечного тракта, снимает болевой синдром, способствует заживлению язв желудка. Его классические работы по моторной функции желудка устанавливают ранее неизвестное явление высокопроизводительного вращательного спиралевидного продвижения химуса по желудочно-кишечному тракту. Профессор Полуэктов В.Л. является проректором по лечебной работе ОмГМА, научным руководителем хирургической клиники БУЗОО «ОКБ» с 7 специализированными хирургическими отделениями. Его перу принадлежит более 173 научных работы, из них 1 монография, 15 методических рекомендаций, более 20 патентов на изобретения. Под его руководством защищено 3 докторских и 15 кандидатских диссертаций по различным проблемам хирургии. Профессор Полуэктов В.Л. является председателем правления Омского отделения Всероссийской Ассоциации хирургов, главным внештатным специалистом Министерства здравоохранения Омской области, членом редакционного Совета журнала «Анналы хирургической гепатологии», председателем диссертационного совета по специальностям: 14.01.01 – акушерство и гинекология, 14.01.17 – хирургия, 14.01.19 – детская хирургия Омской государственной медицинской академии.
